Italien im 17. Jahrhundert: Hinter den Mauern des Klosters von Pescia versetzt die Novizin Benedetta Carlini (Virginie Efira) die Oberhäupter der katholischen Kirche in Aufregung, als die Wundmale Christi an ihrem Körper auftreten.

Trotz anfänglicher Zweifel an der Echtheit der Stigmata steigt Benedetta als „Auserwählte Gottes“ zur Äbtissin auf. Von nun an genießt sie Privilegien in der Ordensgemeinschaft, die ihr ein geheimes Doppelleben erleichtern: Sie lässt sich von der Nonnenschülerin Bartolomea (Daphné Patakia) in die Geheimnisse körperlicher Lust einführen. Doch die ehemalige Klostervorsteherin Felicita (Charlotte Rampling) kommt dem verbotenen Treiben auf die Spur…